Հանրային տվյալների վերլուծություն
SARS-CoV-2 տոհմերի մասին տվյալները և Չիլիից առկա հաջորդականություններից նմուշը վերցնելու ամսաթիվը ստացվել է Consorcio Genomas CoV2 կայքից, որը հասանելի է այստեղ https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. Պատվաստումների տվյալները ստացվել են Գիտության, տեխնոլոգիայի, գիտելիքի և նորարարության նախարարության հանրային տվյալներից, որոնք հասանելի են հասցեում https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (Արտադրանք 83):
Ինֆեկցիոն հետազոտություն
Կեղծ կաղապարով վիրուսներ, որոնք կրում էին տարբեր SARS-CoV-2 հասկ սպիտակուցներ, պատրաստվել են, ինչպես մենք նախկինում նկարագրեցինք12. Կարճ ասած, ՄԻԱՎ-1-ի վրա հիմնված SARS-CoV-2 պսևդոտիպերը արտադրվել են HEK293T բջիջներում `pNL4.3-ΔEnv-Luc- ի համապատասխան pCDNA-SARS-CoV-2 Spike ծածկագրող վեկտորի հետ մեկտեղ ՝ 1: 1 մոլային հարաբերակցությամբ: Պլազմիդներ, որոնք ծածկագրում են կոդոններով օպտիմալացված ցատկ, որը զուրկ է C- տերմինալի վերջի (SΔ19) վերջին 19 ամինաթթուներից, որը հայտնի է, որ խուսափում է էնդոպլազմային ցանցի պահպանումից:12 ստացվել են գենի սինթեզով կամ հարմարեցված տեղում ուղղվող մուտագենեզով (GeneScript) և պարունակում են հետևյալ մուտացիաները ՝ A տոհմը (հղման հաջորդականություն), տոհմը B (D614G), տոհմը B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), տոհմ P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I) և սերունդ C.37 (G75V, T76) 246, L252Q, F452S, D490G, T614N): Յուրաքանչյուր պսևդոտիպային պատրաստուկ մաքրվում է ցենտրիֆուգացիայի միջոցով 859 պտ / րոպե սենյակային ջերմաստիճանում, չափագրվում է ՝ օգտագործելով HIV-3,000 Gag p1 Quantikine ELISA Kit (R&D Systems), բաժանված 24% պտղի խոշոր եղջերավոր շիճուկում (Sigma-Aldrich) և պահվում է -50 ° C ջերմաստիճանում: օգտագործել. Տարբեր քանակությամբ կեղծ վիրուսներ (ինչպես որոշվում է ՄԻԱՎ -80 p1 սպիտակուցի մակարդակներով) օգտագործվել են HEK-ACE24 բջիջները վարակելու համար, իսկ 2 ժամ անց, կրակոտ լուցիֆերազի ակտիվությունը չափվել է Լյուսիֆերազայի անալիզի ռեագենտի (Պրոմեգա) միջոցով Glomax 48 միկրոապլաստում: լուսատուաչափ (Պրոմեգա):
Չեզոքացման վերլուծություն
Պսևդոտիպավորված վիրուսների չեզոքացման փորձարկումները կատարվել են ըստ էության, ինչպես մենք նախկինում նկարագրել էինք12. Հակիրճ, պլազմայի նմուշների սերիական նոսրացումներ (1: 4 -ից 1: 8748) պատրաստվել են DMEM- ում `10% պտղի խոշոր եղջերավոր շիճուկով և ինկուբացվել են յուրաքանչյուր pseudotyped վիրուսից 5 նգ -ով 24 ժամվա ընթացքում 1 ° C- ում, այնուհետև` 37 × 14 HEK-ACE2 բջիջներից ավելացվել է յուրաքանչյուր հորատանցք: HEK293T բջիջները (չարտահայտող ACE2) ինկուբացված են կեղծ կեղծ վիրուսով (տոհմ A) օգտագործվել են որպես բացասական վերահսկողություն: Բջիջները լիզացվել են 48 ժամ անց, և կրակոտ լուցիֆերազայի ակտիվությունը չափվել է Luciferase Assay Reagent (Promega) միջոցով Glomax 96 Microplate լուսաչափիչում (Պրոմեգա): Յուրաքանչյուր նոսրացման համար վնասազերծման տոկոսը հաշվարկվել է, և յուրաքանչյուր նմուշի ID50- ը հաշվարկվել է GraphPad Prism 9.0.1 տարբերակի միջոցով:
Վիճակագրական վերլուծություններ
Վիճակագրական վերլուծությունները կատարվել են GraphPad Prism ծրագրային 9.1.2 տարբերակի միջոցով: SARS-CoV-2 կեղծ վիրուսների տիպի հակամարմինների տիտրերի (NAbTs) չեզոքացման բազմակի խմբային համեմատություններ, ինչպես նաև NAbs- ի պատասխանների համեմատություն ըստ սեռի և ծխի կարգավիճակի, կատարվել է Wilcoxon- ի ստորագրված դասակարգված թեստի միջոցով: Գործոնների փոփոխությունը հաշվարկվել է որպես ID- ում երկրաչափական միջին տիտրերի տարբերություն50 Վայրի տիպի կեղծատիպ վիրուսի հետ համեմատ: NAbT- ների և տարիքի կամ BMI- ի միջև հարաբերակցության վերլուծությունը կատարվել է Սպիրմանի թեստի միջոցով: Միակողմանի ANOVA- ի և Tukey- ի բազմակի համեմատության թեստը կատարվել է վարակիչ հիվանդությունների վիճակագրական վերլուծության համար: P0.05 p արժեքը համարվել է վիճակագրորեն նշանակալի:
Էթիկական հավանություն
Ուսումնասիրության արձանագրությունը հաստատվել է Universidad de Chile- ի Բժշկության ֆակուլտետի էթիկայի հանձնաժողովի (N ° 0361-2021 և N ° 096-2020 նախագծեր) և Clínica Santa Maria- ի (Nրագիր N ° 132604-21) կողմից: Բոլոր դոնորները ստորագրեցին տեղեկացված համաձայնությունը, և նրանց նմուշներն անանուն մնացին:
Lambda- ի տարբերակում աճող մուտացիաների ազդեցությունը վարակիչ և հակամարմինների պատասխանների չեզոքացման վրա
Հունիսի 3695 -ի դրությամբ GISAID- ում պահված Չիլիից 24 հաջորդականության վերլուծությունth 2021-ը ցույց է տալիս SARS-CoV-2 տարբերակների ՝ Գամմա և Լամբդա տարբերակների հստակ գերակայությունը վերջին եռամսյակի հաշվառման ընթացքում ՝ միասին, բոլոր հաջորդականությունների 79% -ի համար:
Հետաքրքիր է, որ այս ժամանակահատվածը բնութագրվում է պատվաստումների զանգվածային արշավով, որի ընթացքում թիրախային բնակչության 65.6% -ը (18 տարեկան և ավելի բարձր տարիքի անձինք) ստացել են պատվաստումների ամբողջական սխեմա հունիսի 27 -ի դրությամբ:th 2021
Հաշվի առնելով, որ ամբողջական սխեմայով պատվաստված մարդկանց 78.2% -ը ստացել է Sinovac Biotech- ի անգործածված վիրուսային պատվաստանյութ CoronaVac- ը, մենք ձգտեցինք հետաքննել Լամբդայի տարբերակում առկա մուտացիաների մուտացիաների ազդեցությունը այս պատվաստանյութից առաջացած հակամարմինների չեզոքացնող կարողության վրա:
Դրա համար մենք ստեղծեցինք ՄԻԱՎ-1-ի վրա հիմնված SARS-CoV-2 կեղծ վիրուսային վիրուսներ, որոնք տանում են սպիտակուցը Ուուհան -1-ի հղման տոհմից (վայրի տեսակ; տոհմ Ա), D614G մուտացիայից (տոհմ B) և Ալֆայից (տոհմ B) .1.1.7), Գամմա (տոհմ P.1) և Լամբդա (տոհմ C.37) տարբերակները:
Վիրուսի պատրաստման ընթացքում մենք հետևողականորեն նկատում էինք, որ Լամբդա հասկը կրող պսևդոտիպ վիրուսով վարակված բջիջները զգալի ավելի բարձր կենսալուսնության արժեքներ են արտադրում ՝ համեմատած D614G մուտանտի կամ Ալֆա և Գամմա տարբերակների հետ, ինչը ցույց է տալիս Լամբդա հասկ սպիտակուցի կողմից վարակվածության բարձրացում:
Նկար 1.Վարակիչ միջամտություն ՝ միջատված տարբեր սպիտակուցներով:
(A) SARS-CoV-2 հասկ սպիտակուցի և այս ուսումնասիրության մեջ օգտագործվող տարբերակների սխեմատիկ ներկայացում: Տոհմերը նշված են փակագծերում: RBD, ընկալիչների հետ կապող տիրույթ, CM; ցիտոպլազմիկ պոչ:
(Բ) Յուրաքանչյուր տոհմի կեղծատիպերի անվանում `օգտագործելով ՄԻԱՎ-1-ի համարժեք քանակություն p24: Firefly luciferase- ի գործունեությունը չափվել է որպես հարաբերական լուսատու միավորներ (RLU) վարակից հետո 48 ժամվա ընթացքում: Միջինը և SD- ն հաշվարկվել են ներկայացուցչական եռակի փորձից:
Հաջորդը, մենք օգտագործեցինք վերը նշված կեղծ վիրուսները ՝ չեզոքացման փորձարկումներ կատարելու համար ՝ օգտագործելով Չիլիի Universidad de և Clínica Santa María առողջապահության առողջապահական աշխատողների պլազմայի 79 նմուշներ, Չիլի, Սանտյագո:
Մենք բացառեցինք 4 նմուշ, քանի որ ի վիճակի չէինք հաշվարկել ID50 տիտր: Վերլուծված նմուշներից 73% -ը համապատասխանում է կանանց, 34 տարեկան միջին տարիքի (IQR 29 - 43) և մարմնի առավելագույն ինդեքս (BMI) ՝ 25 (IQR 22.7 - 27): Մասնակիցների 20.5% -ը հայտարարել է, որ ակտիվ ծխողներ են, քանի դեռ տևել է իմունիզացիայի շրջանը: Նմուշները ստացվել են 95 օրվա միջակայքում (IQR 76 - 96) CoronaVac պատվաստանյութի երկրորդ դեղաչափից հետո
Մենք նկատեցինք, որ Wild տիպի հասկ սպիտակուցը կրող կեղծ կեղծ վիրուսի չեզոքացումը հանգեցրեց 50% արգելակիչ նոսրացման (ID50) միջին տիտր 191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,), մինչդեռ այն 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% CI), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% CI) ) և 78.75 (49.8 - 107.6, 95% CI) կեղծ կաղապարով վիրուսների համար, որոնք կրում են սպիտը D614G մուտանտի կամ Ալֆայի, Գամմայի և Լամբդայի տարբերակներից, համապատասխանաբար:
Մենք նաև նկատեցինք, որ ID- ի երկրաչափական միջին տիտրը50 տիտրերը նվազել են 3.05 գործոնով (2.57 - 3.61, 95% CI) Լամբդա հասկը կրող կեղծ կեղծ վիրուսի համար, 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI) ՝ Գամմա հասկերի համար, 2.03 (1.71 - 2.41, 95% CI) Alpha- ի և 1.37 (1.20 - 1.55, 95% CI) համար D614G հասկերի համար `Wild տիպի սանդղակի համեմատ:
Մեր ուսումնասիրության խմբում սեռի, տարիքի, մարմնի զանգվածի ինդեքսի (BMI) կամ ծխի կարգավիճակի և հակամարմինների չեզոքացման տիպի հարաբերակցություն չի նկատվել:
Նկար 2.Չեզոքացման փորձարկում ՝ օգտագործելով CoronaVac պատվաստվածներից պլազմայի նմուշներ
(Ա) Փոխադարձ 50% վնասազերծման տիտղոսի փոփոխություններ (ID50) պլազմայի նմուշներում ՝ CoronaVac պատվաստանյութի 75 ստացողներից ՝ D614G (տոհմ B), Ալֆա (տոհմ B.1.1.7) դեմ,
Գամմա (տոհմ P.1) և Լամբդա (տոհմ C.37) տարբերակները `վայրի տիպի վիրուսի համեմատ: Արդյունքները ցուցադրվում են որպես համապատասխան նմուշների չեզոքացման տիտրերի տարբերություն: P- ի արժեքները ID- ի համեմատության համար50 հաշվարկվում են Wilcoxon- ի ստորագրված աստիճանի թեստով:
(Բ) Տուփի գծապատկերները ցույց էին տալիս ID- ի միջին և միջքարտային տիրույթը (IQR)50 յուրաքանչյուր կեղծատիպ վիրուսի համար: Գործոնների փոփոխությունները ցուցադրվում են որպես ID- ում երկրաչափական միջին տիտրերի տարբերություն50 համեմատած Wild տիպի կեղծ վիրուսով վարակվածների հետ: Վիճակագրական վերլուծությունները կատարվել են Wilcoxon- ի համապատասխան զույգերի ստորագրված աստիճանի թեստի միջոցով:
Միասին, մեր տվյալները ցույց տվեցին, որ Lambda- ի հետաքրքրության նոր ճանաչված տարբերակի աճող սպիտակուցը, որը շատ տարածված է Չիլիում և Հարավային Ամերիկայի երկրներում, կրում է մուտացիաներ, որոնք հաղորդում են վարակվածության բարձրացում և CoronaVac- ի կողմից առաջացած չեզոքացնող հակամարմիններից խուսափելու ունակություն:
